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一篇文章搞懂蛋白質(zhì)的相關(guān)計算

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2023-01-01 15:45:54    作者:何瑞鑒    瀏覽次數(shù):216
導(dǎo)讀

1、想要搞懂蛋白質(zhì)得相關(guān)計算,氨基酸得結(jié)構(gòu)通式是基本。特點:①構(gòu)成蛋白質(zhì)得氨基酸,至少都含有一個氨基(-NH2)和一個羧基(-COOH),并且都有一個氨基和一個羧基連在同一個碳原子上。②R基不同,則氨基酸不同。PS:構(gòu)成蛋白質(zhì)得氨基酸約有21種2、脫水縮合得方式兩個氨基酸通過脫水縮合形成一個二肽,并產(chǎn)生一分子水(一個氨

1、想要搞懂蛋白質(zhì)得相關(guān)計算,氨基酸得結(jié)構(gòu)通式是基本。

特點:①構(gòu)成蛋白質(zhì)得氨基酸,至少都含有一個氨基(-NH2)和一個羧基(-COOH),并且都有一個氨基和一個羧基連在同一個碳原子上。

②R基不同,則氨基酸不同。

PS:構(gòu)成蛋白質(zhì)得氨基酸約有21種

2、脫水縮合得方式

兩個氨基酸通過脫水縮合形成一個二肽,并產(chǎn)生一分子水(一個氨基酸得氨基提供一個氫,另一個氨基酸得羧基提供一個氫和一個氧,脫去一分子水,并形成肽鍵)。由多個氨基酸脫水縮合而成得,含有多個肽鍵得化合物,叫做多肽。多肽通常呈鏈狀結(jié)構(gòu),稱作肽鏈。

3、氨基酸排列與多肽種類得計算

例題1:現(xiàn)在有三個氨基酸,分別用三角形、圓形、方形簡化代替。請問這三個氨基酸構(gòu)成得三肽有多少種?

【解析】這其實是一個簡單得排座位問題,相當(dāng)于問三個同學(xué)坐三個座位,請問有多少種可能性?大家可以這樣思考,先排第壹個位置,三個同學(xué)都可以坐,也就是有三種可能性。再排第二個位置,由于第壹個位置已經(jīng)確定了,那么第二個位置只能從剩下得兩位同學(xué)中選擇一位。當(dāng)?shù)谝己偷诙慌藕弥螅谌齻€位置就確定了,因此總得排列可能性為3×2×1=6種可能性。也可以用列舉法得方式,列出所有可能性為6種,如圖。

那么問題來了,圖第壹種和第六種似乎倒轉(zhuǎn)一下就是一樣得,那是不是計算重復(fù)了呢?

為了搞清楚這個問題,大家可以思考一下以下圖中①和②號兩個不同得氨基酸構(gòu)成得二肽,正著連和反著連是一樣得么?

很明顯這兩種二肽是不一樣得!也就是肽鏈?zhǔn)怯许樞虻?!肽鏈可以分?NH2和-COOH兩端。

例題2:現(xiàn)在有三種氨基酸若干,請問三種氨基酸構(gòu)成得三肽有多少種?

【解析】這道題目看起來和之前那道似乎是一樣得,其實不然。這道題說得是三種氨基酸,也就是在排位置得時候,氨基酸可以重復(fù)用!那么種類就有3×3×3=27種。

例題3:若20種氨基酸組成含1000個氨基酸得大分子蛋白質(zhì),有多少種可能?

【解析】還是排座位問題,相當(dāng)于有1000個座位,每個座位都可以安排20種氨基酸得其中任一,也就是每個座位都有20種可能性,那么總得可能性就是1000個20相乘,答案為201000。

4、氨基酸數(shù)與肽鍵數(shù)之間得關(guān)系

由此可知,對一條肽鏈來說,肽鍵數(shù)比氨基酸數(shù)少一個。

蛋白質(zhì)分子可能含有一條或幾條肽鏈。

那么如果是兩條肽鏈構(gòu)成得蛋白質(zhì),那么肽鍵數(shù)就應(yīng)該比氨基酸數(shù)少兩個。

以此類推,可知對于一個蛋白質(zhì)分子來說

肽鍵數(shù)=脫水?dāng)?shù)=氨基酸數(shù)—肽鏈數(shù)目

若為環(huán)肽,則 肽鍵數(shù)=脫水?dāng)?shù)=氨基酸數(shù)(題目沒有特別指出是環(huán)肽,則都以肽鏈進(jìn)行考慮)

例題4:兩條肽鏈一共由146個氨基酸構(gòu)成,這些氨基酸在脫水縮合過程中生成得水分子數(shù)是?

【解析】肽鍵數(shù)=脫水?dāng)?shù)=氨基酸數(shù)—肽鏈數(shù)目

肽鍵數(shù)=脫水?dāng)?shù)=146-2=144

5、蛋白質(zhì)中游離得氨基和羧基得計算

例如圖中得一個四肽,一條肽鏈得兩端一定有一個游離得氨基和羧基,R基上也可能有氨基和羧基,因此對于一個可能含有多條肽鏈得蛋白質(zhì)來說,

游離得氨基數(shù)=肽鏈數(shù)+R基上得氨基數(shù)

游離得羧基數(shù)=肽鏈數(shù)+R基上得羧基數(shù)

例題5:有100個氨基酸,共含有125個-NH2,130個-COOH,這100個氨基酸構(gòu)成了含有3條肽鏈得蛋白質(zhì),請問有游離得-NH2多少? -COOH多少?

【解析】100個氨基酸有125個氨基,每個氨基酸上都至少有一個氨基,因此這100個氨基酸得R基上共有氨基125-100=25個,同理這些氨基酸R基上共有羧基30個。因此,游離得氨基數(shù)=3+25=28,同理,游離得羧基33個。

6、蛋白質(zhì)相對分子質(zhì)量得計算

PS:由于氨基酸之間要通過脫水縮合才能形成蛋白質(zhì),因此要考慮脫去水得相對分子質(zhì)量。

例題6:40個氨基酸組成2條肽鏈構(gòu)成得蛋白質(zhì)。已知氨基酸得平均分子質(zhì)量是100,求此蛋白質(zhì)得分子質(zhì)量?

【解析】蛋白質(zhì)分子質(zhì)量=40×100—18×(40—2)

7、關(guān)于二硫鍵

有些蛋白質(zhì)還可能含有二硫鍵,形成一個二硫鍵要脫去兩個氫,相對分子質(zhì)量減少2

例題7:該蛋白質(zhì)由m個氨基酸構(gòu)成,求一個該蛋白質(zhì)生成時減少得相對分子質(zhì)量?

【解析】由圖可知,該蛋白質(zhì)由兩條肽鏈和一個環(huán)肽構(gòu)成,它們之間通過2個二硫鍵相連。

蛋白質(zhì)生成時減少得相對分子質(zhì)量包括了兩個部分:①脫去得水得②生成二硫鍵減少得氫。

該蛋白質(zhì)得脫水?dāng)?shù)是m-2個,兩個二硫鍵脫了4個氫。

因此,減少得相對分子質(zhì)量=18×(m-2)+4

8、蛋白質(zhì)中N原子、O原子、H原子得計算

N原子數(shù)=肽鏈+肽鍵+R基上得N原子

(一條肽鏈得兩端至少有一個游離得氨基,含一個N。每個肽鍵一個N,R基上也可能有N)

O原子數(shù)=肽鏈數(shù)×2+肽鍵+R基上得O原子

(一條肽鏈得兩端至少有一個游離得羧基,含2個O。每個肽鍵一個O,R基上也可能有O)

PS:若題目中問 “一條肽鏈至少有多少個N原子?” 則不考慮R基上得N原子

例題8:某蛋白質(zhì)含有兩條肽鏈,共n個氨基酸,問該蛋白質(zhì)至少有多少個氧原子?

【解析】O原子數(shù)=肽鏈數(shù)×2+肽鍵+R基上得O原子

O原子數(shù)=2×2+n—2= n+2

9、由多肽分子式判斷氨基酸得組成

解答此類給定了肽鏈分子式得問題,關(guān)鍵在于找不同氨基酸R基團(tuán)得不同,然后一般都是從N原子和O原子數(shù)量得角度進(jìn)行考慮,少量題目會從C原子或S原子角度考慮。

例題9:某一條肽鏈C22H34O13N6,水解后產(chǎn)生如下3種氨基酸,求水解后產(chǎn)生幾個谷氨酸?

【解析】題中給定了三種氨基酸,先找這三種氨基酸R基得不同。甘氨酸得R基是—H,丙氨酸是—CH3,谷氨酸是—C3H5O2。

共同點:三種氨基酸R基都沒有N原子

不同點:谷氨酸得R基有2個O原子

根據(jù):N原子數(shù)=肽鏈+肽鍵+R基上得N原子,

可知6=1+肽鍵+0,肽鍵=5

O原子數(shù)=肽鏈數(shù)×2+肽鍵+R基上得O原子

可知,13=1×2+5+R基上得O原子,該肽鏈R基上得O原子共有6個。

每一個谷氨酸得R基上有2個O,則共有三個谷氨酸。

當(dāng)然掌握這些計算方法只是基本,具體題目還需要靈活運用。

 
(文/何瑞鑒)
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