近幾年我國高校成為開展橫向科學(xué)研究的一支重要力量,科研經(jīng)費(fèi)也成為學(xué)校重要的資金來源之一。但目前高校對橫向科研經(jīng)費(fèi)的管理還比較粗放,導(dǎo)致橫向科研經(jīng)費(fèi)使用不規(guī)范的現(xiàn)象比較嚴(yán)重。國家雖制定了一些相關(guān)管理辦法,但項(xiàng)目承擔(dān)單位內(nèi)部控制制度涉及和執(zhí)行還存在有一定的缺陷,這都源于橫向科研項(xiàng)目有一定的特殊性和市場性,在項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)的使用過程中怎樣做好既能區(qū)別管理又要與現(xiàn)有制度想融合,是個急待解決的問題。本文使用了文獻(xiàn)研究法、觀察法、問卷調(diào)查法、經(jīng)驗(yàn)總結(jié)法、歸納法和個案分析法等方法,分析了我國現(xiàn)有高校橫向科研項(xiàng)目具有能夠滿足社會市場需求、支持企業(yè)發(fā)展、增加高校收入的特點(diǎn),在院校教學(xué)、科研中心工作中發(fā)揮的積極作用。認(rèn)為當(dāng)前橫向科研經(jīng)費(fèi)管理中存在的對管理辦法和經(jīng)費(fèi)性質(zhì)的認(rèn)識偏差問題、經(jīng)費(fèi)內(nèi)控缺乏合理性和有效性問題。產(chǎn)生的原因主要是結(jié)題審計(jì)環(huán)節(jié)隨意。從項(xiàng)目負(fù)責(zé)人和管理人員看待問題的角度設(shè)計(jì)了兩套問卷進(jìn)行調(diào)查,發(fā)現(xiàn)管理中存在缺乏績效評估制度和經(jīng)費(fèi)使用責(zé)任追究制度方面不完善的問題,最后,從明確高校應(yīng)建立健全內(nèi)部控制制度;建立高校科研經(jīng)費(fèi)使用效益后評估制度;建立高??蒲薪?jīng)費(fèi)使用責(zé)任追究制度;建立高校橫向科研經(jīng)費(fèi)的績效獎勵制度等方面提出了相應(yīng)的對策和建議。